La prima tratta: Brin-Dinegro
La prima tratta della metropolitana genovese ad essere inaugurata è stata Brin – Dinegro, nel 1990. La stazione di Brin, disegnata da Renzo Piano e l’unica a cielo aperto, è il capolinea periferico di Certosa/Rivarolo.La stazione di Dinegro ha una posizione strategica vicinissima al Terminal Traghetti. Offre un ottimo interscambio con le linee bus di superficie, sia dirette a Ponente sia verso il centro.
Principe
La stazione, aperta nel 1992 e successivamente completata allungando la banchina fino a raggiungere la lunghezza di 80 metri, si trova di fonte alla Stazione Marittima. L’uscita in via Fanti d’Italia crea un favorevole interscambio con le linee bus 7 e 32, che fanno capolinea proprio in quest’area. Nel mese di aprile 2016 è stato aperto il tunnel di collegamento tra le stazioni metropolitana e ferroviaria di Principe, un'opera che agevola i pendolari nell’interscambio tra un sistema di trasporto pubblico e l'altro. Con la nuova infrastruttura è più semplice raggiungere i treni della metropolitana dalla sotterranea e viceversa; uscendo dalla stazione della metropolitana, con un percorso veloce e tutto al coperto, si accede direttamente ai binari della ferrovia
Darsena
La stazione Darsena, costruita secondo la tipologia già attuata per la stazione sotterranea di Principe e aperta nel 2003, ha il piano banchina centrale ad una quota di 12,65 metri sotto il livello stradale, il piano del mezzanino a 7,85 metri e due uscite su via Gramsci, di cui quella a levante in corrispondenza di via delle Fontane. Dalla stazione Darsena si possono raggiungere il polo universitario della zona compresa tra via Balbi, piazza della Nunziata e largo Zecca ed i nuovi insediamenti museali, residenziali e didattici nell'area a mare della Darsena.
San Giorgio
Anche questa stazione è stata realizzata con la tipologia delle stazioni in sotterranea con banchina centrale e inaugurata nel 2003. Il piano banchina è a 15,5 metri sotto il livello stradale e il piano del mezzanino con atrio a 11,65 metri dal livello stradale. L’uscita nelle vicinanze di Palazzo San Giorgio collega la metro con via San Lorenzo e il centro storico della città. La stazione di San Giorgio serve tutta l'area del Porto Antico ed offre un comodo interscambio sia con la linea 13 che effettua capolinea in via Turati e le linee 1 e 9 che partono dalla vicina piazza Caricamento.
Sarzano/Sant'Agostino
La stazione, inaugurata nel 2006, è la prima che si apre in un quartiere prima inaccessibile ai mezzi pubblici di Amt, molto popolato e ricco di attività, vicino alla facoltà di Architettura dell’Università di Genova, a molte chiese, monumenti, teatri e altri luoghi di interesse storico e culturale come Casa Paganini.
La stazione è sotterranea e presenta banchine laterali di 80 metri in corrispondenza delle due gallerie delle Grazie a binario singolo. Il piano delle banchine è ad una quota di meno 26.5 metri rispetto all'uscita su piazza Sarzano e di circa sette metri rispetto all'uscita di via Mura della Marina.
De Ferrari
Sotterranea a circa meno 20 metri rispetto a Piazza De Ferrari, questa stazione è la più importante dell'intero percorso, da qui transitano i maggiori flussi di utenza. La stazione è stata inaugurata nel 2005, diventando il capolinea centrale del percorso.
La tipologia della stazione è a banchine laterali di lunghezza tali da ospitare convogli formati da tre unità di trazione. L'uscita si affaccia sul sottopasso dell'Accademia, percorrendolo si arriva alla seconda uscita che si apre di fronte a Palazzo Ducale. In piazza De Ferrari transitano moltissime linee bus sia dirette verso Levante sia dirette a Ponente.
Brignole
La stazione di Brignole ha 5 uscite: una in piazza Raggi, nel cuore di Borgo Incrociati, due in via Canevari su entrambi i lati e due che portano verso i sottopassi ferroviari. La stazione ha 9 ascensori e 6 scale mobili che permettono alle persone di spostarsi agevolmente all’interno dei 2.000 metri quadrati aperti al pubblico e in soli 15 minuti si offre il collegamento tra Brignole e la Valpolcevera (stazione di Brin.)